کلیسای روی آب در میانه ی پارک طبیعی زیبای هوکایدو قرار گرفته است. هوکایدو که منطقه ای است با زمستانهای سرد، در کرانه ی شمالی مجمع الجزایر ژاپن واقع است. محیط پیرامون پر از درخت است و در بهار و تابستان رنگ سبز سراسر آن را فرا می گیرد. در این محیط طبیعی غنی، کلیسا مکانی است که در آن می توان به صفیر باد، زمزمه ی جویبار و آواز پرندگان گوش فرا داد.
با تغییر مسیر یک جویبار طبیعی، دریاچه ای مصنوعی پدید آمد و کلیسا با شکل هندسی مشخص خود، در پشت دریاچه سربرافراشت. این منظره ی درآمیختگی چشم اندازهای طبیعی، باغ و معماری، از شاهکارهای محوطه سازی معاصر ژاپنی است. باغهای محوطه سازی شده ی انگلیسی، باغهای هندسی سایر کشورهای اروپا، باغهای پرآوازه ی چین و باغهای اسلامی، شهرت بسیار دارند، ولی نمونه های بازسازی محیط طبیعی در چنین مقیاس وسیعی، در معماری امروز نادر است.
دیوار L شکلی، ساختمان اصلی و دریاچه ی مصنوعی را در پناه خود می گیرد و ما را به سوی کلیسا هدایت می کند. امتداد دیوار در ابتدا آب را از چشم پنهان نگه می دارد و ما ضمن حرکت، فقط صدای آن را می شنویم. با چرخیدن از یک انتهای دیوار، ناگهان چشم انداز گسترده ای از دریاچه رخ می نماید و گونه ای حس رهایی به ما دست می دهد، گویی جسم و بدنمان در قالب طبیعت فرو می رود.
نقشه ی ساختمان از دو مربع متداخل تشکیل می شود، یکی به اندازه ی ۵۰ فوت و دیگری ۳۳ فوت. در مربع کوچکتر، چهار صلیب به گونه ای قرار گرفته اند که بازوهایشان تقریبا با هم مماس شده اند.
